Articles of scipy

Encontre todos os pares de pontos mais próximos do que uma dada distância máxima

Eu quero encontrar (eficientemente) todos os pares de pontos que estão mais próximos do que alguma distância max_d . Meu método atual, usando o cdist , é: import numpy as np from scipy.spatial.distance import cdist def close_pairs(X,max_d): d = cdist(X,X) I,J = (d<max_d).nonzero() IJ = np.sort(np.vstack((I,J)), axis=0) # remove diagonal element IJ = IJ[:,np.diff(IJ,axis=0).ravel()0] # […]

Como não sobrescrever o arquivo .mat ao usar scipy.io.savemat ()?

Eu tenho usado o scipy.io.savemat() do Python para salvar meus dados no formato .mat, uma maneira eficiente de transferir dados entre os dois: http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.9.0/reference/ tutorial / io.html . De alguma forma, sobrescreve o arquivo. Como definir a function para que eu possa append ao arquivo .mat em vez de sobrescrever como a opção ‘-append’ do […]

ajuste de curva por uma sum de gaussian com scipy

Eu estou fazendo bioinformática e mapeamos RNA pequeno em mRNA. Temos a coordenada de mapeamento de uma proteína em cada mRNA e calculamos a distância relativa entre o local onde a proteína se liga ao mRNA e o local que é ligado por um pequeno RNA. Eu obtenho o seguinte dataset: dist eff -69 3 […]

interpolar para hora específica

Digamos que eu tenha este código: import numpy as np import time from datetime import datetime class Measurements(): def __init__(self, time_var, value): self.time_var = time_var self.value = value a = np.array([ Measurements(’30-01-2017 12:02:15.880922′, 100), Measurements(’30-01-2017 12:02:16.880922′, 100), Measurements(’30-01-2017 12:02:17.880922′, 110), Measurements(’30-01-2017 12:02:18.880922′, 99), Measurements(’30-01-2017 12:02:19.880922′, 96)]) b = np.array([ Measurements(’30-01-2017 12:02:15.123444′, 10), Measurements(’30-01-2017 12:02:18.880919′, 12), […]

Como calcular o teste T de dois frameworks de dados Pandas linha a linha

Eu tenho os seguintes dois frameworks de dados: import pandas as pd import scipy.stats import numpy as np df_a = pd.DataFrame({ ‘s1’: [10,10,12,13,14,15], ‘s2’: [100,100,112,1.3,14,125], ‘s2’: [13,200,10,13,14.5,10.5], ‘gene_symbol’: [‘a’, ‘b’, ‘c’, ‘d’, ‘e’, ‘f’], }) df_b = pd.DataFrame({ ‘s1’: [15,20,123,13,14,15,1], ‘s2’: [130,100,72,1.3,14,125,2], ‘s2’: [213,200,35.4,13,414.5,130.5,3], ‘gene_symbol’: [‘a’, ‘b’, ‘c’, ‘d’, ‘e’, ‘f’,’g’], }) df_a.set_index(‘gene_symbol’, inplace=True) df_b.set_index(‘gene_symbol’, […]

Estimativa de Hessiana Inversa Usando Minimização SciPy

Eu estou usando a function ‘minimize’ do SciPy para minimizar uma function. A function retorna o valor ideal, junto com uma estimativa de Jacobian e Hessian. Como abaixo: fun: -675.09792378630596 hess_inv: jac: array([ 6.34713615e-02, 1.15960574e-03, 1.63709046e-03, 2.16914486e-02, -8.02970135e-02, -4.39513315e-02, 6.69160727e-02, -5.68434189e-05]) message: b’CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F_<=_FACTR*EPSMCH' nfev: 684 nit: 60 status: 0 success: True x: array([ 9.93756778e-01, […]

Função Gamma Incompleta no scipy

Eu gostaria de calcular o que o wolfram alpha chama a function gamma incompleta (veja aqui) : `gamma[0, 0.1]` A saída alfa do wolfram é de 1.822 . A única coisa que scipy me dá que se assemelha a isso é scipy.special.gammainc , mas tem uma definição diferente de como wolfram alpha define sua function […]

Ajustando uma distribuição dada o histograma usando scipy

Eu gostaria de ajustar uma distribuição usando scipy (no meu caso, usando weibull_min) para meus dados. É possível fazer isso dado o histograma e não os pontos de dados? No meu caso, como o histograma tem checkboxs inteiras de tamanho 1, sei que posso extrapolar meus dados da seguinte maneira: import numpy as np orig_hist […]

Existe uma alternativa scipy / numpy para R’s nrd0?

Da documentação R … O bw.nrd0 implementa uma regra geral para a escolha da largura de banda de um estimador de densidade do kernel Gaussiano. O padrão é 0,9 vezes o mínimo do desvio padrão e o intervalo interquartílico dividido por 1,34 vezes o tamanho da amostra em relação ao negativo em um quinto da […]

Multiplique eficientemente uma matriz densa por um vetor esparso

Eu estou procurando uma maneira eficiente de multiplicar uma matriz densa por um vetor esparsa, Av , onde A é de tamanho (M x N) e v é (N x 1). O vetor v é um scipy.sparse.csc_matrix. Eu tenho dois methods que uso no momento: No método 1, eu retiro os valores diferentes de zero […]